Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn được thành lập từ năm 1995 trên cơ sở hợp nhất 3 Bộ: Nông nghiệp-Công nghiệp thực phẩm; Lâm nghiệp và Thuỷ lợi.
Ngày 31 tháng 7 năm 2007, Quốc hội Việt Nam đã thông qua Nghị quyết về cơ cấu Chính phủ nhiệm kỳ khoá XII, trong đó Quốc hội đã thông qua việc hợp nhất Bộ Thuỷ sản vào Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thành Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
Ngày 03 tháng 01 năm 2008 Chính phủ ban hành Nghị định số: 01/2008/NĐ-CP về việc Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn là cơ quan của Chính phủ, thực hiện chức năng quản lý nhà nước các ngành, lĩnh vực: nông nghiệp, lâm nghiệp, diêm nghiệp, thuỷ sản, thuỷ lợi và phát triển nông thôn trong phạm vi cả nước; quản lý nhà nước các dịch vụ công trong các ngành, lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý của Bộ.
Nhiệm vụ chính trị của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn được đặt ra không chỉ là nhiệm vụ của các ngành trước đây về sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, diêm nghiệp, thuỷ lợi, thuỷ sản một cách riêng rẽ mà còn là sự đòi hỏi cao hơn về việc phát triển ngành nông nghiệp và nông thôn một cách bền vững, bảo vệ các nguồn tài nguyên thiên nhiên đất - nước rừng- thuỷ sản, gắn chặt hơn nữa sự phát triển nông nghiệp, lâm nghiệp, thuỷ sản và thuỷ lợi với việc phát triển nông thôn với đối tượng phục vụ chủ yếu hơn 60 triệu dân sống ở nông thôn, chiếm gần 78 phần trăm dân số cả nước.
Cơ cấu tổ chức của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn gồm:
1. Các tổ chức giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý Nhà nước:
- Vụ Kế hoạch.
- Vụ Tài chính.
- Vụ Khoa học, Công nghệ và Môi trường.
- Vụ Hợp tác quốc tế.
- Vụ Pháp chế.
- Vụ Tổ chức cán bộ.
- Thanh tra Bộ.
- Văn phòng Bộ.
- Cục Trồng trọt.
- Cục Bảo vệ thực vật.
- Cục Chăn nuôi.
- Cục Thú y.
- Cục Chế biến, Thương mại nông lâm thuỷ sản và nghề muối.
- Cục Lâm nghiệp.
- Cục Kiểm lâm.
- Cục Khai thác và Bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản.
- Cục Nuôi trồng thuỷ sản.
- Cục Thuỷ lợi.
- Cục Quản lý đê điều và Phòng, chống lụt, bão.
- Cục Quản lý xây dựng công trình.
- Cục Kinh tế hợp tác và Phát triển nông thôn.
- Cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thuỷ sản.
2. Các tổ chức sự nghiệp thuộc Bộ:
- Trung tâm Tin học và Thống kê.
- Trung tâm Quốc gia Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn.
- Trung tâm Khuyến nông - Khuyến ngư Quốc gia.
- Báo Nông nghiệp Việt Nam.
- Tạp chí Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.